2015: Giải Người Bảo vệ Quyền Dân sự của tổ chức Civil Rights Defenders.[45] Bà là người thứ ba, đồng thời là người châu Á đầu tiên được nhận giải này.[46]
2017: Giải thưởng dành cho Phụ nữ Quốc tế Dũng cảm của Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ. Vào ngày 29/3, Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ, đại diện là Melania Trump đã tôn vinh Nguyễn Ngọc Như Quỳnh với Giải thưởng dành cho Phụ nữ Quốc tế Dũng cảm của Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ vì sự dũng cảm của cô trong việc đưa ra các vấn đề xã hội dân sự, truyền cảm hứng cho sự thay đổi ôn hòa, kêu gọi sự minh bạch hơn trong chính phủ và việc tiếp cận các quyền cơ bản của con người, đồng thời là tiếng nói đại diện cho quyền tự do ngôn luận.[47][48]
Giải Tự do Báo chí Quốc tế 2018 của Ủy ban Bảo vệ Ký Giả (CPJ): Chị là người Á châu duy nhất trong năm nữ nhà báo đoạt giải năm nay, và cũng là nhà báo duy nhất đoạt giải khi đang bị giam cầm.[6]
Được đề cử giải Nobel Hòa bình 2018: ông David Kilgour, cựu dân biểu đặc trách khu vực châu Á – Thái Bình Dương của Canada, khẳng định thông tin "nữ blogger nổi tiếng thế giới Nguyễn Ngọc Như Quỳnh, tức Mẹ Nấm của Việt Nam đã được đề cử giải Nobel Hòa Bình 2018 bởi tiến sỹ Marc Arnal, Giáo sư danh dự và cựu Trưởng khoa Học khu St. Jean, Đại Học Alberta, Edmonton, Alberta, Canada".[7]
